L'intrigue de Jurassic World 2, en revanche, est pour la plupart secrète. Cependant, l'écrivain Colin Trevorrow a précédemment déclaré que l'histoire de la suite traiterait des problèmes de maltraitance des animaux en ce qui concerne les dinosaures, qui est un territoire largement inconnu pour la franchise. Un rapport récent sur la production indique que les droits des animaux seront aussi importants pour l'intrigue que Trevorrow l'a dit.
Tel que rapporté par Jurassic Outpost, NBCUniversal a acheté trois nouveaux domaines Web le 15 décembre 2016. Les trois domaines offrent des indices subtils sur les prémisses de Jurassic World 2 avec leurs seuls noms: AllCreaturesHaveRights.com (et.org) et IslaNublarRescueMission.com. Le premier fait fortement allusion à la présence d'une certaine forme de groupe des «droits des dinosaures» dans le cadre du film, tandis que le second fait référence à Isla Nublar, la maison des parcs à thème représentés à la fois dans Jurassic World et dans le Jurassic Park original.
Chris Pugh de Jurassic Outpost a tweeté vendredi que «Isla Nublar Rescue Mission» pourrait faire allusion au titre officiel de Jurassic World 2, faisant référence au «geste révélateur» d'Universal lorsqu'il a acheté le nom de domaine pour «Fate of the Furious». Pourtant, Pugh trouve «improbable» que le domaine soit en fait le titre de Jurassic World 2. Le scénario le plus probable est que la «mission de sauvetage» se réfère à un dispositif de complot, comme une organisation fictive … ou littéralement juste à une mission réelle.
Jurassic Outpost a émis l'hypothèse que l'intrigue de Jurassic World 2 tournera autour de la destruction du parc et des dinosaures qui y habitent, et de la bataille juridique et éthique qui s'ensuit. Le rapport spécule que «Isla Nublar Rescue Mission» fait référence à une mission de sauvetage des dinosaures, plutôt que des humains. Peu importe ce que l'intrigue s'avère être, Jurassic World 2 est susceptible d'explorer des thèmes complexes liés aux dinosaures et aux humains qui les ont créés, plutôt que d'adopter davantage une approche de film de monstre similaire à des suites moins mémorables de Jurassic Park. C'est une prémisse intrigante et une façon rafraîchissante d'aborder un film sur les dinosaures captifs.
La prémisse de Jurassic World 2 aurait pris Bryce Dallas Howard par surprise, ce qui signifie qu'il y a peu de chances que la suite soit un autre film tueur de dinosaures banal. Bayona a déjà qualifié la suite d'aventure de dinosaure «amusante», mais a également fait allusion à des éléments politiques jouant un rôle majeur dans le film. Les noms de domaine indiquent clairement que Jurassic World 2 contiendra des thèmes politiques, mais on ne sait pas exactement quel genre de film il veut être tant que de nouvelles informations ne seront pas publiées.